Ali Bardakoğlu, İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü ve İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi’ni bitirdikten sonra bir süre öğretmenlik ve stajyer hakimlik ve hakimlik yaptı. Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde İslam Hukuku yardımcı doçentliğine atandı. Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’ne naklen atandıktan sonra İslam Hukuku Ana Bilim Dalı’nda profesör oldu. İdari görevler ve bilim kurulu üyelikleri yaptı. 1991-1992 yılları arasında İngiltere’de ve 1994 yılında da Amerika Birleşik Devletlerinde bulundu. İslam hukuku alanında çeşitli bilimsel yayınlar yaptı, ulusal ve uluslararası sempozyumlara tebliğle veya müzakereci olarak katıldı. 28 Mayıs 2003 tarihinden bu yana Diyanet İşleri Başkanlığı görevini yapmaktadır.